张绍铃教授课题组研究成果在《Genome Research》上发表
发布时间:2012-11-19 浏览次数:
 

日前,国际基因组研究权威刊物《Genome Research》(影响因子13.608) 在线发表了以南京农业大学梨工程技术研究中心、作物遗传与种质创新国家重点实验室为第一署名单位,吴俊教授为第一作者、张绍铃教授为通讯作者的研究论文(《The genome of pear (Pyrus bretschneideri Rehd.)》(2012,doi:10.1101/gr.144311.112)。

该研究首次应用新一代lllumina测序平台结合BAC-by-BAC策略,高质量地完成了高杂重复序列的二倍体果树基因组测序和组装,组装梨基因组长度达512.0 M,约占梨基因组全长的97.1%,通过高密度遗传连锁图谱实现了与17条染色体的对应关系,注释梨的蛋白基因4.2万个。通过系统进化研究,进一步提出蔷薇科物种的祖先为9条染色体,梨的17条染色体进化经过了全基因组的复制以及染色体的重组和丢失。在与苹果基因组的比较研究中,明确了苹果与梨的分化大约发生5.4-21.5百万年前,两者在基因组大小上的差异主要是由重复序列引起的,而基因区十分相近。同时,结合基因表达谱研究,明确了梨自交不亲和性、果实石细胞代谢、糖代谢、香气形成的重要分子机制。该项研究将为今后深入开展梨重要功能基因的挖掘和利用,基因组指导下的高产、优质、低投入梨新品种培育提供全新的科技支撑平台。

2010年4月,以张绍铃教授为首的南京农业大学梨工程技术研究中心,牵头包括深圳华大基因、浙江省农科院园艺研究所、河北省农科院石家庄果树研究所,美国伊利诺伊大学、乔治亚大学、夏威夷大学,以及日本东北大学在内的共8家国内外科研院所成立了国际梨基因组合作组织,开展梨基因组的测序、组装和注释工作。经过2年的努力,于2012年5月全面完成梨的精细基因组图谱绘制工作,并首次对外发布梨的基因组数据,这是国际上第一个梨全基因组图谱。该基因组计划的完成,受到了国际范围内的广泛关注,欧美蔷薇科研究联盟表示感谢梨基因组研究团体为蔷薇科研究作出的重要贡献,并多次表示今后要与我校开展梨方面的合作研究,同时邀请我方在美国2013年1月举行的国际动植物基因组大会上做报告。