棉花遗传与种质创新团队是“作物遗传育种”国家级重点学科、“作物遗传与种质创新国家重点实验室”和本校生物技术中心的一个重要组成部分。本学科列入学校“211工程”建设的重点。目前在棉花转基因、基因组、分子育种、杂交棉选育等方面全面开展工作，成为支撑地方棉花产业的一支重要力量。“十五”以来,承担国家高技术“863”计划、国家重大基础研究计划“973”、国家自然科学基金、国家攻关计划、国家转基因植物研究与产业化开发专项、国际合作科研项目等科研课题50多项，成为国家科技计划实施的重要棉花团队，取得了丰硕的科研成果。    

至2008年获得的科技奖励有：《棉花对黄萎病的抗性遗传模式及抗（耐）病新品种的选育技术》2000年获中国高校科技进步一等奖，《陆地棉芽黄突变体的遗传及其在生产上的利用》，《棉花雄性不育种质的收集、研究和利用》，《棉花胞质雄性不育系和恢复系的选育及其组合的筛选技术》科研成果1990、1996、1999年获农业部部级科技进步二等奖。《棉花杂交种选育的理论、技术及其在育种中的应用》2004年获得国家科技进步二等奖。《棉花杂交种选育及产业化开发》2007年获中国技术市场协会金桥奖。《优质棉的种质创新与分子育种》2006年获中国高校技术发明一等奖。    

目前，我们已经通过审定的棉花新品种和杂交种有“南农早”（2000年国家审定），南农1号（1999年江苏省审定）,“南抗3号”（杂交棉，2001年江苏、2005年国家审定），“南农98-4”（杂交棉，2002年湖南省审定），“南农6号”（杂交棉，2004年江西省审定），“南农98-7”（杂交棉，2003年山西省审定），“南优3号”（杂交棉，2004年安徽省审定）。             南农9号(杂交棉，2005年安徽审定)，南农8号(杂交棉，2005年江苏、2007年安徽审定)，南农6号（杂交棉，2005年国家审定），南农7号(杂交棉，2006年江苏审定)，南农10号（杂交棉，2008年国家审定）。             另外正在参加有关省或全国的区域试验、生产试验的杂交棉品种有近10个。这些杂交棉在区域试验及示范试验中表现突出，开发前景广阔。    

现任团队负责人             ：郭旺珍 教授