国家大豆改良中心是农业部建设的国家种子工程项目中十二类农作物改良中心之一，依托南京农业大学，以大豆研究所为基础，联合生理、病、虫、加工等多学科组建而成。国家大豆改良中心的研究历史可以追溯到二十世纪二十年代王绶教授在金陵大学建立了第一个科学大豆育种计划，以后三、四十年代中央大学金善宝教授、金陵大学马育华教授和王金陵教授相继发展了大豆遗传育种研究。五十年代初期院系调整后马育华教授在南京农学院重新建立了大豆育种计划，开展了江淮下游地区大豆地方品种研究、大豆新品种选育和大豆数量性状遗传研究。改革开放后，1981年经农业部批准成立南京农学院大豆遗传育种研究室。1984年在国际植物遗传资源委员会（IPBRI）资助下开始了我国南方大豆地方品种的搜集、研究和保存工作，后扩展到国际国内大豆资源的研究。1985年扩建为南京农业大学大豆研究所。1998年经申报、评审，由农业部批准在此基础上联合相关学科建立国家大豆改良中心。“中心”现任负责人为盖钧镒院士和喻德跃教授。
大豆遗传与种质创新团队主要开展以下方面研究：1. 大豆种质资源及育种目标性状特异种质的遗传基础，2. 大豆优质、高产、稳产新品种选育，3. 大豆抗病虫性与耐逆性，4. 大豆育种理论与方法，5．大豆基因组学和生物技术在大豆遗传育种中的应用。包括有4个研究室：（1）大豆种质资源研究室，（2）大豆产量品质遗传改良研究室，（3）大豆抗性遗传改良研究室，（4）大豆育种理论与生物技术研究室；并设有配套的江浦试验站。“中心”还应河南工业大学之邀，在郑州共建“大豆精深加工研究所”，推动大豆品质改良与加工利用一体化发展。现有专职研究人员19位(其中院士1位、教授6位、副教授3位，博士13位、硕士5位)，校内兼职研究人员9位，技术工人11位，专职管理人员2位。另常年有博士研究生、硕士研究生、博士后研究人员、访问学者等流动研究人员90位以上。
1998年以来育成大豆新品种14个，新增种质1590份，发掘优异种质1076份,创新种质568份，实现南方大豆超高产突破250kg/亩，建立植物数量性状主基因-多基因遗传模型分离分析法，发表论文364篇，其中SCI收录55篇，专著9本（主编4本，参编5本），申报专利3项，新品种保护权3项，获省部级奖励10项，培养博士后5人、博士30余人、硕士60余人，目前在读博士研究生49人（其中留学生2人）、硕士研究生98人。
国内除与8个大豆改良分中心建立有固定联系外，还与中国科学院遗传和发育生物学研究所、河南工业大学等建有合作关系。国际上与国际生物多样性研究所(BIOVERSITY)、国际原子能机构(IAEA)、美国北卡州立大学、美国伊利诺大学、美国衣阿华州立大学、日本北海道大学、法国农科院等建有合作和学术交流的联系。
现任团队负责人：盖钧镒 院士
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