系列学术报告(3.30)
发布时间:2017-03-28 浏览次数:
 

报告时间: 2017330日(周四)下午2:00-5:00

报告地点:国家重点实验室学术报告厅(理科楼A201

1.报告题目:Chromosome-length Haplotype Determination Using Genomic Data of Three Gametes

报告人:贾震宇(University of California, Riverside

报告摘要In an effort to overcome the existing technological impediments in obtaining chromosome-length haplotype information in heterozygous individuals, we have developed an easy and reliable method for whole genome amplification (WGA) of single bicellular haploid cells of pollen grains. To reveal the haplotypes of the donor plant, WGA DNA of pollen grains was analyzed on a high density Affymetrix SNP genotyping array (Axiom™ Citrus56AX). In this study, we demonstrate that only 3 haploid individuals or gametes are needed to correctly infer the donor’s phase. To accomplish this goal, we propose an R program, named ‘IIIandMe’, through which a donor’s haplotypes can be reconstructed by inferring the crossovers on donor’s chromosomes that give rise to the 3 genetically variant gametes. It is the first phasing method for efficient analysis of haploid cells, which has opened new opportunities in science and technology. For example, it may be used to identify recombination hot spots on chromosomes, or it may be used to monitor the crossovers on plant genomes to facilitate more rapid breeding programs, or may be used to aid the studies of human diseases that are relevant to anomaly in recombination frequency.

报告人简介:贾震宇,美国加州大学河滨分校植物系数量遗传学教授。曾就读于美国加州大学河滨分校,获得遗传学博士和统计学硕士。曾就职于美国加州大学尔湾分校、美国阿克伦大学和美国西北医科大学从事生物统计教学和癌症基因组学的研究。目前的研究工作包括(1)基因组选择方法及在作物育种中的应用,(2)全基因组关联分析的方法和应用,(3)通过分析配子基因型实现单体型重构,(4)各类肿瘤诊断和预后标记物的筛查和验证。先后发表SCI论文40余篇。多次受邀在国际学术会议(PAG, JSMAACR)作报告。曾受邀担任Journal of Computational and Mathematical Methods in Medicine特刊的客座主编。教授的课程包括生物统计、统计基因组学和基础遗传学。

2.报告题目:水平基因转移对陆生植物起源和进化的影响

报告人:徐辰武(扬州大学)

报告摘要:在植物由水生到陆生的进化过程中,通过水平转移的方式获取了细菌、真菌、古菌等远缘物种的基因,这些基因大部分与陆生植物特有的生理特性或植物特有性状有关:包括与维管束的发育,植物激素、谷氨酸盐和脂肪酸的生物合成,糖和糖基的转运等。我们以MAGDNA修复和抗病性等性状特性的起源和进化具有至关重要的作用,表明水平基因转移是陆生植物适应性进化的一个重要影响因素。

报告人简介:徐辰武,男,农学博士,扬州大学二级岗位教授,博士生导师,享受国务院政府特殊津贴专家,《生物统计与试验设计》国家精品课程和国家精品资源共享课程负责人。先后主持国家重点研发计划课题973计划课题7项;发表学术论文Trends in Plant ScienceNew Phytologist等刊物上发表40余篇。先后入选全国农业科研杰出人才和创新团队带头人、教育部、江苏省中青年科学技术带头人和江苏省高校省级中青年学术带头人和创新团队带头人等人才计划。

3.报告题目:多位点全基因组关联分析FASTmrEMMA算法及其软件与拓展

报告人:章元明(华中农业大学)

报告摘要:单位点GWAS涉及多重检验,造成显著概率P值过小,致使一些重要位点不能被检测到。这在作物GWAS中尤为突出。为克服这一问题,可使用多位点GWAS。本次报告就是汇报这方面的最新研究进展及其理论推广。

报告人简介:章元明,楚天学者特聘教授,教育部新世纪人才,加拿大作物学会荣誉会员,加州大学博士后,《生物统计与田间试验》国家精品课程负责人。主要从事统计基因组学、生物统计学和基因分子进化研究工作,主要进展有:1)建立和发展了关联分析的混合线性模型方法;2)研究基因组变异与作物复杂性状形成的分子进化机制;3)提出了QTL定位的全基因组复合区间作图(GCIM)法与超饱和线性模型参数估计的惩罚最大似然和Bayesian压缩估计方法;4)发展了偏分离群体连锁图矫正方法;5)系统拓展了主基因+多基因混合遗传分析方法。主持与参加科研项目近20项,在Mol Biol EvolPhysics of Life ReviewsBriefings in BioinformaticsBMC BiologyGeneticsScientific ReportsHeredity等发表SCI论文63篇,研制分离分析SEA、关联分析与连锁分析mrMLM、连锁图矫正DistortedMap等软件包。获教育部自然科学二等奖1项。担任HeredityScientific ReportsBMC GeneticsCanadian Journal of Plant Science和作物学报等刊物编委。合著《植物数量性状遗传体系》专著。已培养博士后、博士和硕士50名左右。主编《生物统计学》等教材3部。在第三届国际数量遗传学大会上作特邀大会报告。

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